След завръщането си в България изкарва кратък библиотекарски курс и работи като пазител на библиотеката на Богословския факултет, а по-късно специализира библиотекознание в Германия. През 1949 г. изготвя лекции по книгознание.

През 1945-1948 г. е уредник и директор на Народната Библиотека "Иван Вазов" - Пловдив.

Маньо Стоянов се утвърждава в съвременната наука като най-добрият специалист в областта на възрожденската книжнина, която до началото на ХIХ в. е религиозна. Умира на 5 ноември 1986 година.