Родена е на днешния 14 декември 1977 г. в София. Като дете, през 80-те години, участва в телевизионни филми за Българската телевизия. Средно образование получава в НГДЕК.
През 2000 г. завършва НАТФИЗ със специалност "актьорско майсторство за драматичен театър“ в класа на професор Снежина Танковска и доцент Андрей Баташов.
След дипломирането си играе в Театър "София“, а през 2005 г. е в трупата на Народния театър "Иван Вазов“, след като преди 2 години дебютира на сцената в ролята на Саломе в едноименната пиеса.
Най-известните ѝ роли са г-ца Д`Олбак в "Развратникът“ от Ерик-Еманюел Шмит, Мерилин в "Ръкомахане в Спокан“ от Мартин Макдона, Оливия в "Идеалният мъж“ от Оскар Уайлд, Мария в "Процесът срещу богомилите“ от Стефан Цанев, Регина в "Лисичета“ от Лилиан Хелман, Бистра в "Когато гръм удари, как ехото заглъхва“ и други.
Играе на сцената на Театър 199 в постановката "Гарванът“ от Калина Попянева на режисьора Бина Харалампиева.
Теодора Духовникова участва в множество български филми и сериали, телевизионни реклами и фотосесии. Сред най-известните й роли на малкия и големия екран са Елица Владева в криминалния сериал "Под прикритие“, Божура Джезелова в историческия сериал "Дървото на живота“, Ана във драматичния филм "Вездесъщият“, Биляна в "Дъвка за балончета“,[3] Виктория Дамянова в шестия сезон на лекарския сериал "Откраднат живот“[4] и Мия Язова в криминалния сериал "Дяволското гърло“[5] и др.
През 2023 г. играе Царица Мириам в историческия сериал "Войната на буквите“ на Людмила Филипова.
Духовникова е българският глас на разказвача в късометражния филм "Сляпата Вайша“, по разказа на Георги Господинов.
Честит рожден ден на Теодора Духовникова!