Родолюбивият общественик призовава българите да учат на български език. Става представител на Пловдивската и Софийската епархия и организира свикването на Общобългарски събор в Цариград, където връчва петиция за създаване на българска църква, независима както от Цариградската патриаршия, така и от римския папа. Работи за това богослужението в българските църкви да бъде на български, а не на гръцки език.

Д-р Стоян Чомаков е първият председател на благотворително дружество "Свети Панталеймон", той подпомага бедни болни граждани и управлява градската болница в Пловдив.