Мустафа Алиш Хаджи беше избран за главен мюфтия на мюсюлманите в България почти единодушно от делегатите на Националната мюсюлманска конференция в НДК. Трима бяха против, един се въздържа при гласуването, предаде БТА.
Мустафа Хаджи е бил на този пост от 1997 година до 2000-та година. От 2000 до 2003 година е бил председател на Висшия мюсюлмански духовен съвет. В момента той е ректор на Висшия мюсюлмански духовен институт и учи докторантура по ислямска социология в Турция.